UITableViewCellのselectionStyleを使うとSDKで用意されている下記のカラーに変更することが可能です。

public enum UITableViewCellSelectionStyle : Int {
    
    case None
    case Blue
    case Gray
    @available(iOS 7.0, *)
    case Default
}

ただし、上記方法だと用意されたカラー以外の指定はできないので、上記以外のカラーを利用したい場合には selectedBackgroundViewを利用すると便利です。
UITableViewDataSource ProtocolのcellForRowAtIndexPath内等でcellに対して selectedBackgroundViewを設定します。

func tableView(tableView: UITableView, cellForRowAtIndexPath indexPath: NSIndexPath) -> UITableViewCell {
    let cell = tableView.dequeueReusableCellWithIdentifier("SampleTableViewCell", forIndexPath: indexPath) as? SampleTableViewCell
    let selectedBackgroundView: UIView = UIView()
    selectedBackgroundView.backgroundColor = UIColor.redColor()
    cell?.selectedBackgroundView = selectedBackgroundView
    return cell!
}

こうすることで、ハイライト時の背景色を指定することが出来ます。

Imgur

しかしながら、UITableViewCellはハイライト・選択時にsubviewsの背景色をclear colorにしてしまうので、 この実装方法だけだと、UITableViewCellにサブビューがある場合、サブビューの背景色も置き換わってしまいます。

例えば、上記のようなsubviewを置いた状態で挙動を確認するとサブビューの背景色がclear colorになってしまうので、背景がすべて赤色になったように見えます。

Imgur

これを避けるために、UITableViewCellのsetHighlightedメソッドをオーバライドして下記のように実装します

override func setHighlighted(highlighted: Bool, animated: Bool) {
    super.setHighlighted(highlighted, animated: animated)
    self.subView.backgroundColor = UIColor.lightGrayColor()
}

Imgur

subviewの背景色が書き換わらないようになりました。